因應簡便及多元化的生活形態，公司行號或在鄉鎮市區公所加保的民眾繳納健保費方式有銀行（郵局）臨櫃繳費、銀行帳戶轉帳扣繳、自動櫃員機轉帳繳費、網路繳費及便利商店繳費等多元繳費管道。
健保署表示，最簡便的繳費方式是銀行帳戶轉帳扣繳健保費，不須負擔手續費，不用擔心忘記繳納、出國旅遊或地址遷移而延遲繳納健保費所產生之滯納金問題，也可節省往返銀行臨櫃繳納時間。
現行健保費轉帳繳費於每月月底進行第 1 次扣款，如帳戶存款不足，於次月 15 日再進行第二次扣款，為簡便投保單位或在鄉鎮市區公所加保的民眾利用金融機構帳戶自動扣繳健保費作業，自 103 年 7 月份保險費起（103 年 9 月 15 日扣款），扣款日期調整在繳納寬限期滿最後一日（每月 15 日，例假日順延），以方便帳戶之資金運用。因此，健保署建議公司行號或在鄉鎮市區公所加保的民眾，多加利用銀行帳戶自動扣繳健保費，並請多留意帳戶內的金額足夠扣繳，即可如期完成繳費，省時便利又划算。
健保署特別說明，公司行號或在鄉鎮市區公所加保的民眾可至銀行或上網至該署網站，點選資料下載/表單下載/保險費表單下載列印「委託轉帳代繳全民健康保險費約定書」，填妥資料，攜帶存款人帳戶印鑑、存摺、身分證，洽全國各金融機構、郵局或健保署各分區業務組服務中心辦理。配合銀行作業時間，確定完成銀行轉帳手續後，自次月起即可透過銀行帳戶自動扣繳健保費。如對轉帳繳納健保費不清楚或有疑問，歡迎撥打健保署免付費服務專線 0800-030-598。