為鼓勵民眾勇於檢舉食品安全不法事件，食安檢舉獎金再加碼。食品藥物管理署提高重大食安檢舉案件獎金核發比率為至少50%以上，如果是檢舉特殊重大食安事件，主管機關除上述檢舉獎金外，得額外另發給檢舉人10-200萬元檢舉獎金，如檢舉人為現職或離職員工檢舉其違法業主，其額外另發給獎金的上限得提高至400萬元，總計金額最高可到 1 億 400 萬元台幣。
未來只要檢舉食品攙偽、假冒、逾有效日期或使用違法添加物等重大食安事件，縣市衛生局得將罰鍰實收金額一半作為檢舉人的檢舉獎金，即使檢舉案件最終獲判無罪定讞，只要檢舉內容屬實，檢舉獎金得不予追回。一般食安檢舉案件若查獲屬實，則得依罰鍰實收金額20%額度發給檢舉獎金。由於依據「食品安全衛生管理法」第 49 條規定所處的罰金是全法最高的 2 億元，因此依照「至少 50%」加上最高另加發 400 萬元的新規定，一次最高可領的獎金為1 億 400 萬元台幣。
「檢舉違反食品衛生案件獎勵辦法」除了提高獎金額度，還參考「證人保護法」保密規定，明定禁止申請閱覽抄錄檢舉人相關資料，強化檢舉人權益保障。
此外，為積極查辦食品安全衛生相關檢舉案件，食藥署已建置中央檢舉專線(02)2787-8200；各地方檢舉專線則可撥打1999服務專線，如接獲民眾檢舉電話，由專人錄案並錄音管理，對檢舉案件進行徹查。