疾病管制署2月13日自國內今年2月4日確診首例H7N9境外移入個案檢體成功分離病毒，並於2月15日完成全基因序列分析，相關序列訊息已於2月16日提供農委會並同步發布於國際GISAID網站與全球分享，並於今日經流感諮詢委員會專家會議確認研判結果。結果顯示，自個案檢體分離出此境外移入H7N9流感病毒，其紅血球凝集素（HA）與神經胺酸酶（NA）蛋白基因，與中國所分離出來的H7N9流感病毒相似，其他內部蛋白基因組合與目前病毒相比略為不同，可能為一個新的基因型，對禽類具高病原性，但無增強禽傳人或人傳人能力之突變。
疾管署表示，自個案檢體分離出的H7N9病毒在HA蛋白切割位新增3個鹼性胺基酸，可能使其在禽類的病原性提高。此外，進一步的基因序列分析顯示，該病毒的NA蛋白具有突變，對克流感及瑞樂沙等抗病毒藥物具抗藥性，專家推測可能是治療過程篩選出來之抗藥性病毒。疾管署於2月15日檢出病毒抗藥性時立即通知照護醫療團隊作為治療參考，目前個案仍病況嚴重住院治療中。疾管署和農委會將密切掌握國際人類和禽鳥H7N9病毒流行株變化趨勢，強化即時疫情監測及病毒監視，並於今日公布更新之新型A型流感臨床診療指引，確保國人健康。
針對外界近期對國內首例H7N9境外移入個案之防疫處置等疑義，疾管署重申，個案1月25日入境台灣，第一時間即因發燒被機場檢疫人員攔檢並開立就醫敬告單建議就醫，個案同日就醫並於隔日轉至某醫學中心時醫師即懷疑H7N9流感輕症，並立即通報採檢，說明檢疫站或醫師均有高度警覺心及善盡監控通報責任，絕無延遲通報或誤診情形。此外，衛生單位亦每日主動瞭解個案病情；另自個案確診後，即對所有相關接觸者進行調查與造冊，對密切接觸者均給予適當衛教及開立自主健康通知書。總計列管之相關接觸者共141人，均已於2月13日解除列管。
另根據世界衛生組織2013年4月發布之疫情速訊（https://goo.gl/qLijxc）內容所示，中國大陸H7N9首批病例是上海2例、安徽1例，3人發病時間介於2013年2月19日和3月15日之間，所有病例發展為重症肺炎。這些病例至3月29日才獲得中國疾病預防控制中心的實驗室確認H7N9流感，由發病至確診長達13至38天。外傳「2013年世界H7N9首例出現於上海，當地醫療機構一天即確認，且完成病毒解析」並非事實。
中國大陸本季自入秋（2016年10月1日）迄今累計426例H7N9流感病例，已超越歷年，病例數以江蘇省124例、浙江省75例、廣東省47例及安徽省45例為多；個案多具禽類、活禽市場暴露史，以50歲以上族群為多。全球自2013年迄今累計1,224例病例，世界衛生組織（WHO）更新截至今年1月16日累積359例死亡。
目前中國大陸仍處H7N9流感高峰期，民眾如需前往請提高警覺，並應遵守「5要6不」原則，「5要」：禽肉及蛋要熟食、要以肥皂澈底洗手、出現症狀，要戴口罩速就醫並告知職業及接觸史、與禽鳥長期接觸者要接種流感疫苗、要均衡飲食及適當運動；「6不」：不生食禽鳥蛋類或製品、不走私及購買來路不明禽鳥肉品、不接觸或餵食候鳥及禽鳥、不野放及隨意丟棄禽鳥、不將飼養禽鳥與其他禽畜混居、不去空氣不流通或人潮壅擠的場所。