在A型和B型肝炎相繼被發現的70年代以後，就有一些肝炎病人無法被歸類為A或B型肝炎，也沒有方法可以知道其發生肝炎的真正原因。在當時稱之為『非A非B型肝炎』。到1989年成功的發現了C型肝炎病毒，並發展出偵測方法後，對C型肝炎的診斷、病程及治療的研究才漸漸展開來。台灣自實施新生兒B型肝炎的預防注射後，B型肝炎帶原率已顯著下降，由其衍生慢性肝病及肝癌也已減少很多，可以預期的B型肝炎將逐漸減少，取而代之的將是第二號殺手－C型肝炎。
在台灣一般人口C型肝炎之盛行率約為2%~4%，其感染途徑與B型肝炎類似，乃是經由血液、體液的接觸而傳染，如輸血，血液透析，血友病患者，靜脈施打毒品者，不良性行為，某些民俗療法，刺青，紋眉，穿耳洞不潔針頭的使用等等途徑，但也還有相當高的比率不知道是如何受感染，也因此雖然自八十一年起血庫已全面對捐血者作篩檢，仍有相當比例發生C型肝炎。
夫妻之間的性行為感染C型肝炎並不多見，然而在有多位性伴侶及愛滋病感染者身上其機率就很高。而母子之間的垂直感染是否存在呢?根據研究發現在新生兒的血中是可以找到C型抗體，但大多在週歲前就消失，代表抗體可能被動的來自母體。但也有少數嬰幼兒的抗體持續存在，表示C型肝炎也可能有垂直感染，但有多大機率，則有待研究。在台灣有所謂”C型肝炎村”在某一鄉下，在該地區C型肝炎之帶元率高達20%以上，可能與該地民俗醫療或非拋棄式針頭的使用有關。
C型肝炎的潛伏期約5~12週。臨床症狀較B型肝炎為輕，因此如果沒有主動受檢，往往被忽略。不幸感染了C型肝炎後有60-80%會演變成慢性帶原者或慢性肝炎。前者肝組織惡化較緩慢或少見，但後者肝組織雖已有慢性肝炎或肝硬化，但仍有一半以上病患無臨床症狀，肝功能也正常。因此肝功能檢查，臨床症狀與組織變化並不一致。C型肝炎病毒的傳染途徑，被感染者的年齡及免疫狀況，體質以及病毒感染的數量，都會影響急性轉變成慢性肝炎的機率。
診斷C型肝炎必需檢測血清中C型肝炎病毒或C型肝炎病毒抗體。後者較簡單，抽個血就可知道，有C型肝炎抗體表示曾經感染或是目前仍感染中，不具有保護作用。
急性C型肝炎的治療，儘早使用干擾素效果愈好，可降低轉變成慢性肝炎的機會。對慢性C型肝炎則干擾素只30-40%效果。一些口服藥目前也已應用在臨床治療。究竟採取何種治療方式，宜請教肝膽專門醫師作評估和建議。對於肝功能正常的C型肝炎帶原者不必做任何治療，只須定期追蹤。
避免不必要的血液、體液接觸是預防C型肝炎的最有效方法。但由於C型肝炎病毒的核 酸序列常會有改變，疫苗的研究較為困難。預期C型肝炎未來仍是國人肝病的主要原因。