泌尿科醫師常遇到的問題是腰痛，也常常依據腰痛的不同，做為病情的診斷。
腰痛的原因很多，不同的位置不同的痛法，也反映出不同的病情。泌尿科疾病造成的腰痛，一般是位於繫腰帶部位的上方。常見的情形是患者以手扶著腰部，側著身體走進診療室，如果輕輕敲打腰部，更會引起劇烈的疼痛。
如果是腎臟問題引起的腰痛，一般是持續且固定於相同位置的疼痛。身體姿勢的改變，對腰痛的影響不大，如果在腰部摸到硬塊，又有血尿，則腎臟腫瘤的可能性就非常高了。
如果是輸尿管引起的腰痛。則疼痛的方式一般是一陣一陣的絞痛，而且會延到腹股溝，男性的陰囊及女性的陰唇部位。輸尿管結石的症狀是這種疼痛，並有惡心、嘔吐及血尿，有些生產過的婦女，描述這種輸尿管結石所引起絞痛的程度，比生產過程子宮收縮的疼痛還要痛。
有些下腹腔手術後的腰痛，也可能是輸尿管的問題所引起，如果子宮切除手術，剖腹產後立刻有腰痛的情形，則可能是輸尿管受到傷害，此時超音波檢查可發現腎水腫，血管注射顯影劑的腎臟攝影也可獲得診斷，若能及早發現這類問題，治療效果大多很好，如果過了很久以後才處理，則腎功能就可能喪失了。
陰囊的疾病也會引起腰痛，腹股溝泡疹，精索靜脈曲張，皆有可能併有腰痛，而睪丸扭曲，甚或是以腰痛為早期的症狀。如睪丸副睪丸的發炎，也會有腰痛的現象，所以腰痛的問題，除了腰部以上的疾病，也要考慮到腰部以下的問題，有一位父親，自己皆為小孩洗澡，有一天小孩腰痛，吃了止痛藥後就讓他睡覺，隔天再洗澡的時，發現一邊的陰囊紅腫，送醫手術後，發現是睪丸扭曲。睪丸扭曲是指睪丸上方，精索部位過度的扭曲，導致血流受阻而引起睪丸的壞死，如果早期發現，經由睪丸固定手術，可使得睪丸功能回復正常，否則也會失去該俱的睪丸。
攝護腺發炎也會引起腰痛，但往往合併有會陰部、腹股溝，及睪丸部位的腰痛。這些腰痛有時會因喝酒，食用辛辣食物而加劇。女性骨盆腔發炎也常併有腰痛的症狀。
腰痛的原因很多，除了泌尿系統的問題外，胸腔疾病、肝膽道管的發炎、阻塞，背部肌膜撕裂傷發炎，椎間盤突出導致神經受壓迫等，皆會有腰痛的情形，甚或癌細胞的轉移，也會造成腰痛。所以在做鑑別診斷時要做多方面的考慮。而此時，經由詳細的身體檢查、尿液檢查及各種放射學檢查，皆可獲得正確的診斷，以便有合適的治療。