結膜炎的原因很多，分類上大致可區分為感染性及非感染性兩大類，感染性結膜炎的致病原有細菌、病毒、披衣菌等，依其症狀及臨床表現給予藥水、藥膏點用，通常在二至三個星期內應可獲得改善，但若是發炎情形嚴重，造成結膜表面永久性傷害，如結疤，即屬於慢性結膜炎，點用藥物僅能改善症狀，較難痊癒。
另一類較難痊癒的結膜炎是屬於過敏性的，因為患者多半天生有過敏體質，以目前的醫療科技尚無法達到改變體質的境界，因此，除非改變生活環境，徹底避免過敏原，否則基本上很難痊癒，只要一碰上過敏原，就會復發。
過敏原的種類繁多，包括：灰塵、塵 、綿絮、花粉、煙塵….等等，一些日常生活環境中常會遇到，因此如何去設法避免接觸過敏原，似乎是唯一根除過敏性結膜炎的途徑，但要真正做到實在很難，光是要找出過敏原就不是一件容易的事。目前市面上有防塵 的寢具，若是過敏兒可以考慮選用，另外寢具也要經常換洗，盡可能保持生活環境的清潔。空氣清淨機是目前市面上新興的家電用品，使用空氣清淨機有部份的效果，但要勤更換慮網，否則無法達到功效。
無論是任何原因引起的結膜炎，若是沒有好好治療，有可能造成結膜表皮結疤而轉變為慢性結膜炎。因為結膜表皮結疤而影響正常淚水分泌的功能，患者會時常有乾澀、異物感、流淚、容易疲倦等症狀，而且抵抗力會變差，容易發生其他感染，使得結膜炎更加嚴重，又不易痊癒。
慢性結膜炎並不一定需要長期點藥，患者最重要的工作是要保持眼部清潔，避免過度疲勞，多做熱敷(以熱毛巾敷眼部)，一方面促進眼部血液循環，改善淚液分泌的狀況，一方面也有保持眼部清潔的功效。