腎結石產生後，約有八成在尚未到大造成症狀前就自動排出，只有兩成造成症狀，其症狀不外乎四種形式：
1. 疼痛
腎臟內部是個空腔，由腎孟和腎盞構成，空腔容積約五至十毫升，所以腎結石較少造成疼痛。大多數的腎絞痛都是因為腎結石掉到輪尿管卡住造成;因為輸尿管只有原子筆心那麼細，米粒大的結石就會堵塞，令人痛得受不了。疼痛的形式則有悶痛、絞痛和牽扯痛。
絞痛，引起疼痛的泌尿疾病，以各種急慢性發炎和結石最常見，疼痛的位置當然以罹病器官的部位為主，但因為內臟的感覺並不像皮膚那麼靈敏，疼痛多是一片區域。例如腎臟疼痛大都在背部中段偏一側，甚至可延伸到側腰。膀胱疼痛則在下腹部恥骨上方（即丹田的地方）。由於泌尿器官的感覺神經和腸胃器官相同，泌尿疾病的疼痛常伴隨著腸胃症狀，如腹脹、腹痛、惡心、嘔吐。
內臟疼痛還有一種特徵，稱為「牽扯痛」，這是因為不同的器官，雖然位置相距很遠，卻由共同的神經來支配所造成，例如輸尿管上段結石絞痛，常有同側睪丸牽扯痛；輸尿管下段結石阻塞，會有同側陰囊或陰唇疼痛；其他例如急性心肌梗塞，會有左肩的牽扯痛，都是同樣的道理。
2. 出血及尿血
一般都不嚴重，多是肉眼看不見的顯微性血尿，但對診斷結石卻極有幫助。
3. 尿路感染
結石的表面就像地上的石頭粗糙凹凸，往下掉時會刮破泌尿道的內皮，造成出血；同時也容易藏污納垢，滋生細菌，造成尿道感染。由於抗生素不能滲入結石中，感染較難治療，必須將結石取出才能斷根。
4. 阻塞
結石最易堵在輸尿管（因為最細），只要掉到膀恍，除非有尿道狹窄或攝護腺肥大，一般都可自行排出（尿道比輸尿管粗很多）。
結石堵在輸尿管，除了會腎絞痛，最糟糕的是堵塞處上游的輸尿管和腎孟會積尿腫大，稱為水腎（hydronephrosis），接著就是該側腎功能變壞。有的人絞痛一緩解，認為不痛就沒關係了，或者想先吃化石草看看，拖個幾個月，腎臟就壞掉了。
阻塞的結石極易引起感染，因阻塞處上游的積尿形同一灘死水，最易造成急性腎孟腎炎，有時還會菌血症致命。所以輸尿管結石比腎結石更需積極處理；單邊腎臟壞掉固然不必洗腎（人類只要半個腎臟就可以維生，其餘是以備不時之需），但何必因疏忽或無知，使自己的腎功能處在沒有存款的窘境呢？
結石偶爾會堵在尿道;如果是部分阻塞，病人是突然感覺小便疼痛，且變細無力。如果阻塞嚴重，就解不出小便而膀恍脹起來（即尿滯留，因尿道是膀肌唯一出路），必須緊急導尿或取出石頭，否則難過不說，幾天就尿毒症了。