八成的結石可以自行排出，發現結石當然可以等，多喝水多運動待其自行排出（不必吃化石草、喝啤酒），一般以○．五公分為標準，大於○．五公分的結石「自排機率」很低，應儘速治療。然而在等待和觀察的過程中，必須冒三種風險：1. 再度絞痛或持續疼痛；2. 併發尿路感染；3. 腎臟功能受損。一般觀察二至四週，而且要密切追蹤至完全排出，不是不痛就不管了。
其實即使是○．五公分的結石，要通細長的輸尿管也是不容易的，尤其輸尿管要進入膀恍的入口處最窄，只有一至四mm，所以結石也最常卡在這一關。隨著治療方式的進步，目前願意等待觀察的病患已越來越少，長痛不如短痛，何必冒風險呢？治療方式有下列三類：
1. 體外電震波碎石（ESWL, Extracorporeal Shock-Wave Lithotripsy）
故名思義，震波是由體外傳入，所以不必開刀。全球第一例接受ESWL治療是在一九八○年二月七日，台灣自一九八五年於台北榮總引進第一部碎石機後，迄今全台已將近百台碎石機，受其恩惠免受開刀之苦的病人更是數以萬計。目前ESWL已進步到免住院、免泡水（相對於泡在水中治療的濕打，俗稱乾打），可應用在約80%的腎臟及輸尿管結石（膀胱結石不用ESWL，因為太貴了，我們有更便宜有效的辦法）。但ESWL並不是萬能，對於較大的結石（腎結石大於三公分，輸尿管結石大於一公分）或阻塞嚴重的輸尿管結石，ESWL仍然力有未逮，需借助下列的方法。
2. 經內視鏡體內碎石法
相對於體外電震波，這種方法是借助內視鏡，在體內進行碎石治療，所以要住院，要上麻醉。
依據結石所在位置，內視鏡有腎臟鏡、輸尿管鏡和尿道膀恍鏡。治療時，首先將內視鏡放到結石的位置，再啟動碎石波，在體內將結石擊碎；常用的碎石波有水電波（EHL）、超音波、雷射和氣鑽（類似鑽馬路的氣鑽），各有優缺點，也可數種搭配使用。
尿道膀胱鏡：直徑六至八mm，長約二十五公分，從尿道進入，可檢查尿道和膀恍，只做檢查時可不用麻醉；若要施行碎石治療，最好半身麻醉比較不痛苦。
輸尿管鏡：直徑不到二．五mm，長度卻有五十公分，是一種極精密的尖細內視鏡，近幾年才發展出較優良的產品，使操作成功率提升許多；也是由尿道放入，經膀胱，逆溯輸尿管而上，最高可達腎盂。因為輪尿管很細長，並非一定能順利將內視鏡推進到結石處，遇到肥胖或攝護腺肥大的病人，困難度更大，所以不能保證成功。
腎臟鏡：直徑約一公分，所以不是由尿道上溯，而是先在腰部做一、兩公分的切口，直接從腰部皮膚進入腎臟，此碎石法稱為「經皮腎臟鏡碎石術，PCNL」，對三至五公分的腎結石效果較好，但對更大的鹿角狀結石也是力不從心（因為結石大大，根本拿不乾淨）。
除了經腎臟鏡碎石（PCNL）和經膀胱鏡碎石可取出部分碎石外，體外電震波碎石（ESWL）和經輸尿管鏡碎石治療都只是將結石擊碎，讓碎石自行排出；所以碎石治療後一定要多喝水多運動（如跑步或跳繩），以利碎石排出。
3. 傳統的開刀取石
鹿角狀或巨大腎結石，需施行腎臟切開取石手術；但腎臟被切一刀，取出結石，再縫起來，這顆腎臟的功能將損失三分之一，所以一定要嚴格篩選病人。較大（一至二公分以上）或嵌頓性（卡得很緊）的輸尿管結石，輸尿管切開取石手術可能是唯一的辦法。巨大膀恍結石（如貢丸）則要施行膀胱切開取石手術。這些傳統手術原是二十年前泌尿科最常施行的手術，但在體外電震波（ESWL）和各式內視鏡日益精進的今天，已退居次要的地位，但仍有其存在的必要性。
有了上述三類武器，泌尿醫師有時還是會踢到鐵板，最常見的鐵板就是尿酸結石；因為尿酸石可被X光穿透（又稱透明結石，其實肉眼下是黃白色石頭），診斷已是困難，要以體外電震（ESWL）治療更是困難（要用X光定位），雖然可打顯影劑或用超音波輔助，但仍是困難。
第二道鐵板是鹿角狀結石，這類結石常大於五公分，最好的辦法是「腎臟切開取石手術」，將結石完整地取出，但有些病人就是寧死不開刀，勉強用體外電震波（ESWL）或腎臟鏡碎石( PCNL)，結果常是餘碎石一堆，即使此時要手術也拿不乾淨了。更槽的是原來大大一顆，現在變成小小很多顆，萬一掉到輸尿管卡住，後果更不堪設想－往往會引致疼痛、感染和腎功能障礙。