為確保食品安全，衛生福利部依據食品安全衛生管理法修訂「食品安全管制系統準則」，規定食品業者應成立內部管制小組，各地主管機關也會進行檢查，不合格者最高可處五千萬元罰鍰或歇業、停業 。
衛生福利部依據食品安全衛生管理法第8條第4項訂定這項準則，要求食品業者成立管制小組，對原料、材料之驗收、加工、製造、貯存及運送全程進行監控，以保食品安全。管制小組成員由食品業者之負責人或其指定人員，及品保、生產、衛生管理人員或其他幹部人員組成，至少三人，至少一人應符合「食品業者專門職業或技術證照人員設置及管理辦法」規定。
衛生主管機關為確認食品業者是否有確實聘用專任之專門職業人員，得要求進入食品業者作業場所執行查核及要求其提供相關證明文件，食品業者不得規避、妨礙或拒絕。對於食品安全管制系統不合格之食品業者，依食品安全衛生管理法第44條第1款規定，可處新台幣6萬元以上5千萬元以下罰鍰；情節重大者可歇業、停業。