許多商家與公共場合的廁所都備有馬桶坐墊紙，雖然多數人的使用心態是希望能隔絕病菌，但其實它真正的功能或許是讓你舒適及安心的使用馬桶，反而對於預防疾病的效果不大。
范德堡大學醫學院（Vanderbilt University）傳染病學家夏弗納（William Schaffner）表示：馬桶座不是傳染性病原體的傳播媒介，雖然過去一度認為它會散布腸胃道疾病與性病，但相關研究已反駁這樣的說法。
那為什麼還需要馬桶座墊紙呢？主要是因為廁所原本就含有一些令人噁心的元素，坐墊紙能讓使用者有安全感，覺得與這些元素隔絕。但這不代馬桶座上沒有會致病的細菌，它還是有大腸桿菌和鏈球菌，只是因為我們的屁股與皮膚上提供保護的功能，能阻擋這些病菌侵入人體。
嘉義大林慈濟醫院泌尿科醫師盧誌明也曾表示，性病多半透過性接觸、血液與體液傳染。其中如淋病、梅毒、菜花甚至愛滋病等常見疾病，都無法經由短暫的皮膚接觸或間接接觸而傳染，除非有黏膜破損。若是在皮膚、黏膜完好的狀況下接觸病菌，並不會染病，至於大部分人擔心的男女生殖器接觸傳染，也因私處並無黏膜外露，染病機率非常低。
雖然坐墊紙看起來對心理作用的效果大於生理作用，但有些人就是不喜歡讓屁股跟別人有間接接觸的機會，因此若廁所有提供坐墊紙，還是可以拿來用，若沒有提供也無須慌張，用衛生紙或濕紙巾先擦一擦再如廁。
至於如何減少腸胃型病毒傳染？答案是洗手。美國疾病控制與預防中心（CDC）的報告指出，使用舊式的肥皂以正確的方式來洗手，就能將腹瀉導致的死亡人數降低至 50%，但洗手要用正確的方式，可參考〈囉嗦版洗手法 你能做到嗎？〉一文的說明。