有些食物含有抵抗病菌的物質，可稱為天然的抗生素，它們大部份存在於蔬菜水果中。
蘆薈是傳統保養皮膚的植物，一些研究指出它也有抵抗細菌及黴菌的功能。一項研究顯示每天喝50CC的蔓越莓汁，六個月後可降低泌尿道感染約五分之一的機會，研究發現它使大腸桿菌不容易附著在泌尿道細胞上。新鮮大蒜被咬碎時其中的兩種成份會作用而產生一種新的物質有殺菌作用，有一研究以大蒜做成藥膏治療三十多位足癬患者，到第七天時，有將近80%的人痊癒。金黃色葡萄球菌是食物中毒的原因之一，有研究指出馬鈴薯中含有的類黃酮可抑制此菌。有研究指出覆盆子及草莓可抑制沙門氏桿菌，百里香，肉桂，苜蓿芽，香胡椒則有抑制大腸桿菌及沙門氏桿菌的作用，對預防腸胃道的細菌感染可能有一些幫助。另有研究發現，韭菜或桂皮的萃取物也含有抵抗大腸桿菌的物質，而這些抗菌物質對熱及酸是穩定的，不易因調理食物的過程而喪失作用。鳳梨可抑制小豬腸道被毒性大腸桿菌侵犯，保護的作用大約可達一天。
幽門桿菌是造成腸胃潰瘍的原因之一，一研究指出薑，蘿蔔、芹菜，及橘子皮，在試管中對其有抑制的作用。檸檬也有些抵抗細菌的作用，有研究發現檸檬的精油十五分鐘可殺死腦膜炎桿菌，一小時可消滅肺炎球菌與葡萄球菌。在小白鼠的研究中，胡蘿蔔的萃取物對一種寄生於腸道的血吸蟲有抑制的作用。在日本的研究發現奇異果的萃取物，在試管中有一些抵抗愛滋病毒的作用。茶樹種子的油對黴菌及細菌有抑制的效果，其殺菌物質為沉香油醇一類，抑制的種類有金黃色葡萄球菌，大腸桿菌，白色念珠菌，青春痘菌等。有一研究指出蔥的種子有抵抗黴菌的成份，另一項香港的研究也發現韭菜可抑制黴菌的生長。
常見的薰衣草也有抑制病菌的作用，在古代歐洲就用薰衣草來殺蟲及消毒傷口，第一次世界大戰時需要薰衣草油做消毒劑，從此便大量栽培。
有些動物性食品也有抗菌的物質，喝些優酪乳對預防陰道發炎有些幫助，可抑制白色念珠菌附著於陰道壁，並可產生過氧化氫殺死其他的壞菌。優酪乳含有的鈣質使病菌無法利用鐵質，減少沙門氏桿菌感染，也抑制引起腹瀉的輪狀病毒。前三天的母乳稱為初乳含乳鐵蛋白及免疫球蛋白，也有抵抗病菌的效果。有研究指出，蜂蜜可抵抗細菌與黴菌，不過蜂蜜本身要消毒過才行，以免引進其他的微生物於傷口上，得不償失，一研究指出，有九名病患，手術後傷口發炎，用過抗生素仍未改善，改用蜂蜜塗抹，五天後便改善。