任何感染源，無論是天然或疫苗的病毒，都可能是引起免疫反應的刺激物質。但有些論文提及，紅斑性狼瘡、類風濕性關節炎病患對流感疫苗的耐受力良好，且其使用情形與一般人並無兩樣。另有研究證實，未出現疾病活性的紅斑性狼瘡病患在接種 H1N1 疫苗時的反應，與健康對照組相似；但具疾病活性者的血清反應率較低、疾病活性越大者，情形越差。研究證實，使用有些免疫抑制劑或加上一些生物製劑抗體時，會顯著降低疫苗的免疫反應。
但先前研究證實，紅斑性狼瘡、類風濕性關節炎、或其他自體免疫風濕病的患者，發生病毒或細菌感染的風險比一般人高，其可能原因包括使用免疫調節藥物如類固醇、抗風濕病之疾病調節劑、生物製劑等、以及疾病本身。這些病患一旦發生感染，常會增高死亡率，尤其是肺部感染。
2013 年 1 月的 Tohoku J Exp Med.，塞爾維亞學者 Milanovic M 等發表有關在自體免疫風濕病患者接受流行性感冒疫苗注射的研究，邀請病情穩定的紅斑性狼瘡、類風濕性關節炎及 Sjögren 氏症候群（乾燥症）病患參與。 2010 年 11 月，這些病患中共有 47 位接受流感疫苗注射（使用去活性疫苗），包括 35 位在 2006 至 2010 年每年都接受疫苗注射者；而 52 位病患則在該期間內未接受疫苗注射。
結果發現一些重要促發因素會造成發生流行性感冒，包括最近 5 年內發生過呼吸道感染和疫苗注射、年紀、性別、疾病種類和罹病期間、使用的藥物、吸菸等。在接受疫苗注射的病患中，發生流行性感冒或細菌性感染（支氣管炎）的情形顯著少於未接受疫苗注射者。重要的是，這些病患的疾病活性都未因注射疫苗而加重。研究證實，紅斑性狼瘡、類風濕性關節炎或 Sjögren 氏症候群（乾燥症）的病患，在接種現代的流感疫苗時，仍可有效且產生足量免疫反應，且相當安全。
2013 年 2 月美國風濕病醫學會的 The Rheumatologist ，美國學者 Collins TR 討論風濕病患者可否接受疫苗接種的問題。他指出，這些風濕病患者即使仍在使用免疫抑制藥物期間，也要考慮接種流感疫苗和肺炎球菌疫苗，但通常不使用活疫苗。
由於使用免疫抑制劑會減低病患對疫苗的反應，因此最好在用藥初期，注射疫苗比較會得到較佳反應，若病患目前不需使用免疫抑制劑時最好先行注射疫苗，以免日後需使用該類藥物時才注射，則可能會影響功效。
（封面圖片來源：Noodles and Beef via photopin cc）