近年來腸道微生物群的相關議題甚夯。權威世界消化醫學期刊 Gastroenterology去年5月即出版腸道微生物相之於健康與疾病（The Gut Microbiome in Health and Disease）專刊。去年9月台灣消化系醫學會之教育研討會亦以「腸道菌對人體健康和疾病的影響」為主題而廣受注目。101年8月本誌封面故事即為「益生菌與人體健康專刊」。99年9月本誌一篇「健康之道，首在保腸」中亦對此議題有多所著墨。
腸道之微生物群
人體腸道住滿無比巨量的微生物，包括細菌、病毒、黴菌、原蟲、寄生蟲。單就細菌而言，數目就高達百兆以上，種類千百種，重量達1公斤之上，細菌的代謝副產物還提供人體10%熱能來源。人體70%以上的免疫細胞都在腸道，腸道是人體最大的免疫器官，而腸道菌整體可視為人體的一種器官，而且是十大必要器官之一（註）。腸道細菌對人而言，可分為好菌（益菌、共生菌），占10～20%。壞菌（害菌、致病菌）占20%。以及中性菌（伺機菌、條件致病菌）占60～70%。中間菌平時不好不壞，但會伺機變好變壞，端視何者佔優勢而靠攏。
腸道菌依其停留生長在腸道的時間，分為長住（永久居留）及過客（外來）菌，過客菌停留數天即排出體外。腸道之共生菌能與宿主人體和平共存、共生互利，形成所謂的「人體超級生物體」。好菌的發酵作用，有益人體。壞菌的腐敗作用，使人生病。健康時，共生菌呈免疫耐受性。生病時，病原菌有免疫攻擊力。腸道菌數量以大腸最多，小腸次之，胃最少。這些腸道菌落形成之菌－腸－腦軸（microbiota－gut－brain－axis）調控神經傳導、內分泌、消化、代謝、免疫作用、因此與全身之各種生理及疾病都有密切的關聯。
腸道之好菌、壞菌及中間菌
腸道細菌中較常被提及者，屬於好菌的有：
(1)乳酸桿菌（Lactobacillus）：包括嗜酸乳酸桿菌（A菌）、乾酪乳酸桿菌（C菌、凱氏菌）、鼠李糖乳酸桿菌（LGG）、代田菌、副乾酪乳酸桿菌、加氏乳酸桿菌、唾液乳酸桿菌、植物乳酸桿菌、短乳酸桿菌、洛德乳酸桿菌、芽孢乳酸桿菌、保加利亞乳酸桿菌（LB）、嗜熱鏈球菌（ST）、脆弱類桿菌、芽孢酪酸桿菌（CBM、宮入菌）等。
(2)雙歧桿菌（Bifidobacterium）：包括雙叉雙歧桿菌（B菌、比菲德氏菌）、長雙歧桿菌（龍根菌）、短雙歧桿菌、乳酸雙歧桿菌（雷特氏B菌）、嬰兒雙歧桿菌、成人雙歧桿菌等。
(3)布拉氏酵母菌。
(4)乳酸腸球菌、枯草芽孢桿菌等。而屬於壞菌的有：困難梭狀芽孢桿菌（困難腸梭菌）、產氣梭狀芽孢桿菌（魏氏梭菌）、金黃色葡萄球菌、病原性大腸桿菌、綠膿桿菌、克雷白桿菌、沙門氏桿菌、志賀氏桿菌、曲狀桿菌、霍亂弧菌、仙人掌桿菌、細梭菌、鏈球菌等。另屬於中性菌的有：非病原性大腸桿菌、糞鏈球菌、脆弱類桿菌、厭氧性鏈球菌、酵母菌、黴菌（真菌）、麴菌、真細菌（優桿菌）等。
益生菌與益菌生
益生菌（Probiotics）之定義為，給予適量補充時，對宿主有益健康的微生物（活菌）。絕大部分的益生菌就屬乳酸菌，它能分解醣類代謝產生乳酸、醋酸、丙酸、丁酸、短鏈脂肪酸，可以酸化腸道環境，抑制害菌增殖，調節菌叢平衡，改善消化，腸蠕動，提升免疫，預防過敏、感染，增加維生素、酵素、干擾素合成。常見的有乳酸桿菌、雙歧桿菌、酵母菌及其他球菌，桿菌。而益菌生（益生元）（Prebiotics）則指透過飲食補充，可增加腸內益菌生長（養菌）之物質，包括寡糖（低聚糖）、膳食纖維（水溶性、非水溶性），及某些中草藥等。
含有益生菌及益菌生兩者成分的製劑稱為合生元（助生質）（Synbiotics）。而利用多種共生乳酸菌培養後，將菌體物質及其分泌物萃取之產物，稱為益生素（Biogenics），亦稱乳酸菌生成物質萃取物（ALBEX）。而含益生菌，益菌生及益生素三種功效之物質稱為益生源素（Probiogenics）。
腸道菌群與人體之疾病
根據以往的研究指出，腸道菌群的生態失衡（dysbiosis）時，可能與人體種種的疾病有著某種程度的關聯性。包括：
(1)胃腸道：抗生素相關腹瀉（偽膜性大腸炎）、旅行者腹瀉、炎性腸疾（潰瘍性大腸炎，克隆氏症）、腸躁症、大腸息肉、憩室症、痔、大腸癌、腸漏症候群、乳糖不耐症、乳糜瀉症、幽門桿菌感染。
(2)肝膽：非酒精性肝病、肝炎、酒精性肝病、肝硬化、肝性腦病變、膽囊結石。
(3)新陳代謝：肥胖、糖尿病、代謝症候群、高膽固醇、老化。
(4)過敏免疫：自體免疫疾病、食物、花粉過敏症、類風濕關節炎、氣喘。
(5)心血管：高血壓、冠心病、動脈硬化。
(6)皮膚：異位性皮膚炎、濕疹、痤瘡。
(7)泌尿生殖：泌尿生殖道炎，細菌或白色念珠菌陰道炎、乳癌。
(8)神經精神：唐氏症、憂鬱症、焦慮症、燥鬱症、失智症、自閉症、厭食症、記憶力減退、思覺失調症（精神分裂症）、巴金森氏症、多發性硬化症。
腸道菌群與人體消化道或消化道以外之各種疾病皆息息相關。由於每個人的腸道菌落皆不相同，且具有多樣性（diversity），每個個體之間雖然是大同小異的，但會因年齡、外在、內在的環境因素而改變。近年來所謂的「個人化」之醫療模式，對腸道菌群的處理對策，亦同理可用。
早期對於偽膜性大腸炎復發或炎性腸病之治療，使用了糞菌移植（fecal bacterial transplantation）來治療而能得到改善，接著也有了糞菌膠囊（pour pill）之口服療法，乃寄望能以健康人之菌群來改變病人之腸道菌群，進而改善病況。而利用瘦鼠之糞菌來餵食胖鼠，可以使胖鼠達到減肥之研究，得知腸道菌群會影響宿主進食型態，進而影響代謝功能，可達到減輕體重的目的。最近精神益生菌（Psychobiotics）的研發與應用，方興未艾，連結了胃腸道與神經心理醫學領域，期待將來有良好的成果展現。
註：十大必要器官為呼吸、循環、消化、泌尿、內分泌、神經、運動、皮膚、生殖、免疫。
本文授權自長庚醫訊。
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