胃腸脹氣腹瀉或便秘可能是因為腸內存在有害細菌及毒素所引起，一些具有香氣的蔬果及花卉如蓮霧芭樂與玫瑰含有丁香油，可能具有清除腸內壞菌的作用，進一步調整腸胃的功能。一項鼠的實驗指出，丁香油在腸道中可展現出抗氧化的作用，餵食第15天時沒什麼變化，90天時則展現明顯之抗氧化作用，開始有清除腸內毒素的功能。

蘋果因為含有果膠一般吃了以後會有止瀉的作用，但有人吃了反而拉肚子。一些人患有大腸激躁症候群，有時吃蘋果或水梨會拉肚子，可能是由於對蘋果及梨的糖份無法完全吸收，而有時便秘吃些蘋果反而能改善。一研究指出老鼠用嗎啡導致其便秘，再給予蘋果纖維，可改善便秘可能是因為增加短鏈脂肪酸刺激腸道蠕動之故。天然的食物如蘋果通常並不一定造成便秘或腹瀉反而有調整腸胃蠕動的功能。

花椰菜或高麗菜中含有的硫化物可抑制幽門桿菌，因為幽門桿菌是胃潰瘍形成的原因之一，花椰菜或高麗菜可能有預防胃潰瘍的功能。一研究指出這種硫化物可抑制致癌物對小鼠造成的胃癌，這樣的保護作用來自抗氧化及分解致癌物的作用。有時胃痛時吃些香蕉會有效，有研究指出香蕉有增加胃黏膜保護因子而對胃潰瘍有所幫助，在試管中發現香蕉的萃取物每天兩次連續給五天對胃黏膜有抗氧化抗潰瘍的作用，但是香蕉對幽門桿菌並無抑制的作用。

薑在傳統醫學中用來止吐，一項40人的研究指出，薑可抑制旋轉椅造成之暈眩達一半之效果，若不用薑沒有人可支持6分鐘若用薑有一半的人可支持， 這種止吐的作用可能作用在腦中，在80位新船員的研究中一公克的薑也可降低暈船的症狀，大約在半小時開始產生藥效，效果可達到四小時，每天服一公克的薑粉末對懷孕嘔吐也有些效果，但是薑在生物實驗中被發現可能造成突變，過量的薑是否會傷害胎兒應做更詳細的研究，而丹麥的一篇研究指出懷孕大鼠每天每公斤體重吃到一公克薑的萃取物也不見胎兒的畸形。

有些天然植物纖維經科學方式萃取後用來治療便秘的效果不錯，如車前草種子可以吸水有助於排便，梧桐的膠質通便的效果也很好，這些已經製成藥劑可供處方使用。調味用的香菜也就是芫荽對便秘可能有些幫助，動物研究發現芫荽可抑制大腸吸收鹽分及水份，使得糞便較為柔軟而易於排出。傳統醫學認為吃了油膩的東西再吃些蘿蔔可解油，一些研究也支持這樣的觀點。高脂肪的食物可能導致大腸的傷害，導致功能的失調可能造成便泌腹瀉等問題，一研究將大鼠餵以高脂肪的食物，發現黏膜細胞受損，分泌保護黏液的細胞減少，發炎細胞則增多，餵食蘿蔔後這些現象均有改善。