在泌尿科的門診時, 除了瞭解病患的主訴和病史外, 醫師通常會為病患做初步的診查, 對於男性病患, 做肛門指診尤其是一項比較特殊的診查, 也是常常會令病患覺得有點奇怪且有些不好意思的檢查。

由於在泌尿科的男性病患中, 因頻尿、尿急、夜尿、排尿困難、下腹部和會陰部不適等等症狀來求診的人比較多, 而這些症狀的發生常常和攝護腺的病變有關, 所以藉由肛門指診來為病患做診查是相當必要的。因為攝護腺這個器官位於骨盆腔底部, 想要經由腹部或背部來診查攝護腺是非常困難的事, 而攝護腺就在直腸的正前方, 醫師可經由肛門進入直腸內, 正好可以觸摸到攝護腺, 這個人體構造上的特殊條件, 也給了醫師一個很好的機會, 可輕而易舉的檢查到這個深藏在人體內的器官。檢查時, 醫師會帶上手套, 塗上潤滑劑, 由肛門將手指伸入病患直腸內, 檢查直腸前方的攝護腺和貯精囊。

肛門指診會帶給病患有些不適和產生尿意, 但是醫生卻可經由此檢查, 在最短的時間內, 直接評估攝護腺大小、硬度, 以及攝護腺或直腸壁上有沒有可疑的硬塊等等, 以便做為診療的依據。臨床上常見的攝護腺疾病, 如良性攝護腺肥大、攝護腺炎、攝護腺癌或是卡在攝護腺尿道內的結石, 以及直腸癌等, 都可以藉著肛門指診來診查。這也需要相當的經驗才能判別出各種不同的病變, 而且有許多不同的病因彼此是很相像,這時就需要儀器的配合, 才能準確地診查病情。所以不只是病患需要做肛門指診, 在一般的身體檢查, 男士們也應主動要求醫師做肛門指診, 以期能及早發現攝護腺上不正常的病變。

對懷疑有慢性攝護腺炎的病患, 做肛門指診時, 可同時做攝護腺按摩, 以便採取攝護腺液做進一步的檢查。正常情況下, 攝護腺液內的白血球數在顯微鏡視野內應少於10個。若有發炎情形, 白血球數可能高到20個以上。而且攝護腺按摩可以幫助攝護腺排除發炎後產生的分泌物, 減輕病患因攝護腺發炎而引起的各種症狀, 可說是兼具檢查和治療效果的一種診療方式。

在目前各種醫療檢查儀器快速進步的情況下, 檢查的機器幾乎要完全取代了臨床醫師的眼和手, 但是一些傳統的診查方式仍然是有其不可替代的地位, 對醫師和病患而言都是一個直接又安全的檢查, 實在不應輕易放棄。