除了影響結石的因素眾多，結石的理論也有許多，茲列舉三個：

1. 溶質結晶理論

高濃度或蒸曬的海水會析出鹽粒，同理，如果尿中溶質的濃度太高或水份太少，超過飽和點，溶質就會形成結晶；這就是為什麼要多喝水才能預防結石 ( 增加溶劑的量，相對地降低了溶質濃度 )。但很多結石並不是如此單純。

2. 缺乏結石抑制因子

人類尿中有多種可以抑制結石的物質，如檸檬酸根、焦磷酸、鎂離子……，所以往往尿中溶質濃度已超過飽和點，但就是不會結石，其中又以檸檬酸根離子含量最高也最重要。有不少結石患者就是因尿中檸檬酸根離子太少造成。目前已有成藥「檸檬酸鉀」用以預防結石，就是這道理。

3. 異質結晶理論

常常一顆結石並非一種成份;常見以尿酸結晶為核心，草酸鈣再附著上去的結石，這時孰因孰果已難判斷，但其結石生長的速度卻遠大於單一成份的結石。

由於無法用單獨一個理論來解釋所有的結石形成，所以就無法預期用一個方法，來治療和預防所有的結石。