台灣結核菌基因型分布與族群遷移有著密切的關係。國家衛生研究院感染症與疫苗研究所杜鴻運副研究員與蘇益仁特聘研究員研究團隊經歷多年調查研究，發現屏東排灣族的結核菌株以東非株占多數，可能代表最古老的東非株遷移來台。而臺灣漢族流行的結核菌株則主要為北京株，然而現在臺灣二十五歲以下年輕族群 85%以上結核病人感染的為北京現代株，毒性及抗藥性強，是結核病防治的隱憂。

北京現代株是目前公認細菌毒性及抗藥性最強的結核菌株，而該菌株目前是臺灣五十歲以下族群的主要流行菌株，將構成臺灣結核病防疫的重大挑戰，必須加強年輕族群結核病個案的發現及避免接觸傳染。而原住民的結核病發生率雖較平地高達三至五倍，但與臺灣全民的結核病流行關係可能不大。此外，現行東京 172 株卡介苗對北京現代株的保護力如何，也必須重新評估。

為了探討臺灣各族群間結核菌基因型的分布，國衛院研究團隊自 2005 年開始收集各族群的結核菌株。由於結核菌的生長及在人群間的傳遞與其他細菌相比較為緩慢，其基因型在族群間的改變往往長達百年以上。這一個特性也被用以追蹤世界上族群遷移的一個佐證資料。目前全世界結核菌株的分布主要有北京株（Beijing）、東非株（EAI）、拉丁美洲株（LAM）、荷蘭株（Haarlem），而北京株又依基因演化而分為古代株（ancient）及現代株（modern）。

這些菌株的分布與世界地理分布及族群遷徙有密切相關。例如，亞洲主要以北京株為主，歐洲以拉丁美洲株及荷蘭株為主，而南美、印尼的結核菌也與十八、九世紀航海及西班牙、葡萄牙、荷蘭的殖民統治相關。目前認為，東非是世界上結核菌株的起源地，約在六千至一萬年前向世界各洲傳布。

臺灣是一個相對開發較晚且與世界隔離的小島。數千年前南島語系原住民族群遷徒來台，十七世紀又有荷蘭、西班牙、葡萄牙的殖民以及明鄭的統治。十九世紀末期受日本統治五十年，1949 年國府遷台，又可能造成另波結核菌株的分布。因此研究臺灣各族群間的結核菌基因型分布是研究族群遷移的寶貴資源。

為了探討臺灣各族群間結核菌基因型的分布，國衛院感染症與疫苗研究所研究團隊，與花蓮門諾醫院及慈濟醫院、台北三軍總醫院、南投埔里基督教醫院、台中榮民總醫院、彰化基督教醫院、嘉義灣橋榮民醫院、屏東基督教醫院、高雄榮民總醫院展開近十年的合作研究，收集來自各族原住民、榮民、平地漢人各年齡層的結核病菌株，抽取結核菌 DNA，並以最現代化分子生物學基因分型技術，共分析達上千株結核菌株。

結果發現一個有趣結論，即漢人以北京株為主，榮民主要（72.4％以上）為北京型，其中 76%為北京現代株；一般漢族（56％以上）為北京型，其中 81%為北京現代株，而年輕人（25 歲以下）高達 85％是北京現代株。

然而原住民的菌株基因型十分特別，與漢人不同，東部花蓮及中部南投埔里原住民菌株主要為荷蘭株，次為北京古代株，可能與十七世紀荷蘭人的殖民有關。而屏東排灣及魯凱族的菌株基因型主要為最早期散播的東非株，次為荷蘭株及北京古代株。而北部一般民眾則少部份為拉丁美洲株，可能與西班牙及葡萄牙的殖民有關。

對於現行東京 172 株卡介苗的效力，國衛院感染症與疫苗研究所杜鴻運副研究員表示，雖然台灣普遍接踵卡介苗，但是結核病並沒有被杜絕，有可能是疫苗的效期不夠。而根據文獻中流行病學的調查，大部分肺結核患者所感染的為北京現代株，也可以間接推測現行卡介苗對其他結核菌株有比較強的保護力，但是對於北京現代株的保護力則相對較弱。

為此，該研究團隊將針對現行東京 172 株卡介苗對不同菌種的保護力進行研究，釐清北京現代株造成臺灣漢族，尤其是青少年罹患肺結核的原因，作為政府防治結核病的參考。