衛生福利部於 103 年 8 月 28 日第二次預告訂定「應建立食品及其相關產品追溯追蹤系統之食品業者」草案，預計第一波將要求「肉類加工食品業」、「乳品加工食品業」、「水產品食品業」、「餐盒業」、「食品添加物業」、「基因改造食品原料業」、「應標示基因改造食品」及「標示非基因改造食品」之製造、加工、調配及輸入業者建立食品追溯追蹤系統。

衛生福利部以風險管控為考量，已於 103 年 4 月 17 日預告訂定「肉類加工食品業」、「乳品加工食品業」、「水產品食品業」、「餐盒業」、「食品添加物業」及「基因改造食品原料業」之製造、加工、調配及輸入業者應建立食品追溯追蹤系統。預告期間收集產官學界意見及考量民眾對基改食品之疑慮，於 103 年 8 月 28 日第二次預告增加「應標示基因改造食品」及「標示非基因改造食品」之製造、加工、調配及輸入業者應建立食品追溯追蹤系統。

衛生福利部於 102 年 11 月 19 日以部授食字第 1021351000 號令發布「食品及其相關產品追溯追蹤系統管理辦法」。經公告類別及規模之食品業者，應依前揭辦法建立追溯追蹤制度，並須以書面或電子化方式完整保存相關紀錄。如發生食品衛生安全案件時，衛生主管機關及業者可有效掌握有問題產品之流向及其原料來源，以杜絕該等產品繼續供應。

如公告指定食品業者建立追溯追蹤之資料不實，或未建立追溯追蹤系統且經命限期改正，屆期不改正者，依違反食品安全衛生管理法第九條第一項規定，分別依同法第四十七條及第四十八條，處新臺幣三萬元以上三百萬元以下罰鍰，情節重大者，並得命其歇業、停業一定期間、廢止其公司、商業、工廠之全部或部分登記事項，或食品業者之登錄；經廢止登錄者，一年內不得再申請重新登錄。

為鼓勵食品業者利用資訊系統建立食品追溯追蹤系統，食品藥物管理署藉由行政院規劃擴充之食品資訊服務網，建置符合「食品及其相關產品追溯追蹤系統管理辦法」之資訊系統，該系統預計於 103 年 9 月中旬完成改版，鼓勵業者亦可透過此系統建立追蹤追溯資料，未來相關紀錄除可供衛生主管機關快速查核，亦可供消費者查詢產品相關資訊，提供有保障之安心產品。